Result for your query miRNA sequence
>rcmv-miR-r111.2-3
aucggaca

RED =100 % Complementary sequence
.=Identical residue
blue alphabets=mismatch
_=Gap


Acc numbermiRNAStartAlignmentEnd% Identity
Query1atcggaca8
MIMAT0034568eca-miR-90267_.......187
MIMAT0032811cel-miR-8199-5p1_.......787
MIMAT0029576ipu-miR-75772_.......887
MIMAT0026382bma-miR-5881a2......._887
MIMAT0021119hsa-miR-51882......._887
MIMAT0005388cre-miR1149.11_.......787
MIMAT0036482tch-miR-9771c1......a.887
MIMAT0035531bdi-miR2118a8......a.187
MIMAT0033949atr-miR8558b8......a.187
MIMAT0018523ame-miR-37538.a......187
MIMAT0037249ata-miR166c-3p1_......_675
MIMAT0037159ata-miR166d-3p1_......_675
MIMAT0037144ata-miR5181-5p6......__175
MIMAT0037131ata-miR5168-3p1_......_675
MIMAT0037127ata-miR166b-3p1_......_675
MIMAT0037121ata-miR166e-3p1_......_675
MIMAT0037113ata-miR166a-3p1_......_675
MIMAT0035512bdi-miR166j1_......_675
MIMAT0035444sly-miR166c-3p1_......_675
MIMAT0035266gsa-miR-2a-5p6_......_175
MIMAT0034993efu-miR-93161_......_675
MIMAT0034933efu-miR-1271......__675
MIMAT0034468eca-miR-89397......__275
MIMAT0034175gra-miR87493_......_875
MIMAT0033982gra-miR34761_......_675
MIMAT0033918atr-miR166d1_......_675
MIMAT0033917atr-miR166c1_......_675
MIMAT0033916atr-miR166b3_......_875
MIMAT0033915atr-miR166a1_......_675
MIMAT0033877atr-miR85908......__375
MIMAT0033402str-miR-87a-5p2......__775
MIMAT0031856lus-miR166k1_......_675
MIMAT0031855lus-miR166j1_......_675
MIMAT0031799cpa-miR166d1_......_675
MIMAT0031798cpa-miR166c1_......_675
MIMAT0031797cpa-miR166b1_......_675
MIMAT0031796cpa-miR166a1_......_675
MIMAT0031449ppe-miR166e1_......_675
MIMAT0031448ppe-miR166d1_......_675
MIMAT0031447ppe-miR166c1_......_675
MIMAT0031446ppe-miR166b1_......_675
MIMAT0031445ppe-miR166a1_......_675
MIMAT0031383aly-miR166h-3p1_......_675
MIMAT0031255stu-miR166d-3p1_......_675
MIMAT0031253stu-miR166c-3p1_......_675
MIMAT0031251stu-miR166b1_......_675
MIMAT0031250stu-miR166a-3p1_......_675
MIMAT0030451ssp-miR1661_......_675
MIMAT0030090bdi-miR166i-3p1_......_675
MIMAT0030088bdi-miR166h-3p1_......_675
MIMAT0029995mtr-miR7697-3p6......__175
MIMAT0029201mes-miR166j1_......_675
MIMAT0029199mes-miR166h1_......_675
MIMAT0029198mes-miR166g1_......_675
MIMAT0029197mes-miR166f1_......_675
MIMAT0029196mes-miR166e1_......_675
MIMAT0029195mes-miR166d1_......_675
MIMAT0029194mes-miR166c1_......_675
MIMAT0029193mes-miR166b1_......_675
MIMAT0029192mes-miR166a1_......_675
MIMAT0028143ssc-miR-7134-5p7__......275
MIMAT0026424sbi-miR6226-5p3......__875
MIMAT0026179cme-miR166e1_......_675
MIMAT0026165cme-miR166g1_......_675
MIMAT0026110cme-miR166a1_......_675
MIMAT0026109cme-miR166f1_......_675
MIMAT0026108cme-miR166h1_......_675
MIMAT0026107cme-miR166d1_......_675
MIMAT0026103cme-miR166b1_......_675
MIMAT0026097cme-miR166c1_......_675
MIMAT0026091cme-miR166i1_......_675
MIMAT0025921mdm-miR166i1_......_675
MIMAT0025920mdm-miR166h1_......_675
MIMAT0025919mdm-miR166g1_......_675
MIMAT0025918mdm-miR166f1_......_675
MIMAT0025917mdm-miR166e1_......_675
MIMAT0025916mdm-miR166d1_......_675
MIMAT0025915mdm-miR166c1_......_675
MIMAT0025914mdm-miR166b1_......_675
MIMAT0025913mdm-miR166a1_......_675
MIMAT0025504hpe-miR166a1_......_675
MIMAT0025503hpa-miR166a1_......_675
MIMAT0025339pde-miR9472......__775
MIMAT0025328pde-miR166b1_......_675
MIMAT0025327pde-miR166a1_......_675
MIMAT0025285hbr-miR166b1_......_675
MIMAT0025284hbr-miR166a1_......_675
MIMAT0024903gma-miR166u3_......_875
MIMAT0024902gma-miR166t1_......_675
MIMAT0024901gma-miR166s1_......_675
MIMAT0024900gma-miR166r1_......_675
MIMAT0024899gma-miR166q1_......_675
MIMAT0024898gma-miR166p1_......_675
MIMAT0024897gma-miR166o1_......_675
MIMAT0024896gma-miR166n1_......_675
MIMAT0024656nta-miR166h1_......_675
MIMAT0024655nta-miR166g1_......_675
MIMAT0024654nta-miR166f1_......_675
MIMAT0024653nta-miR166e1_......_675
MIMAT0024652nta-miR166d1_......_675
MIMAT0024651nta-miR166c1_......_675
MIMAT0024650nta-miR166b1_......_675
MIMAT0024649nta-miR166a1_......_675
MIMAT0027236lus-miR166i1_......_675
MIMAT0027231lus-miR166h1_......_675
MIMAT0027223lus-miR166g1_......_675
MIMAT0027221lus-miR166f1_......_675
MIMAT0027217lus-miR166e1_......_675
MIMAT0027204lus-miR166d1_......_675
MIMAT0027192lus-miR166c1_......_675
MIMAT0027172lus-miR166b1_......_675
MIMAT0027168lus-miR166a1_......_675
MIMAT0023626bna-miR166e1_......_675
MIMAT0023625bna-miR166f1_......_675
MIMAT0023530dpr-miR166b1_......_675
MIMAT0023529dpr-miR166a1_......_675
MIMAT0023223gma-miR166k3_......_875
MIMAT0022510ssl-miR166b1_......_675
MIMAT0022509ssl-miR166a1_......_675
MIMAT0021648gma-miR166j-3p1_......_675
MIMAT0021646gma-miR166i-3p1_......_675
MIMAT0020737hvu-miR166c1_......_675
MIMAT0020705bdi-miR5181b6......__175
MIMAT0020688bdi-miR166c-3p1_......_675
MIMAT0020687bdi-miR166e-3p2_......_775
MIMAT0020667bdi-miR166b-3p1_......_675
MIMAT0020664bdi-miR166d-3p1_......_675
MIMAT0020658bdi-miR166f3_......_875
MIMAT0020984gma-miR166h-3p3_......_875
MIMAT0020982gma-miR166g1_......_675
MIMAT0020981gma-miR166f1_......_675
MIMAT0020980gma-miR166e1_......_675
MIMAT0020979gma-miR166d1_......_675
MIMAT0020978gma-miR166c-3p1_......_675
MIMAT0020224dme-miR-4986-3p3......__875
MIMAT0020032sko-miR-4826-5p8......__375
MIMAT0020386tcc-miR166d1_......_675
MIMAT0020385tcc-miR166c1_......_675
MIMAT0020384tcc-miR166b1_......_675
MIMAT0020383tcc-miR166a1_......_675
MIMAT0019749hsa-miR-46698__......375
MIMAT0019656pma-miR-46221__......675
MIMAT0018960hsa-miR-44423__......875
MIMAT0018500hvu-miR166b1_......_675
MIMAT0018452csi-miR166d1_......_675
MIMAT0018451csi-miR166c1_......_675
MIMAT0018321gma-miR44032__......775
MIMAT0018213hvu-miR166a1_......_675
MIMAT0018191hsa-miR-39173_......_875
MIMAT0018683tca-miR-3827-3p6......__175
MIMAT0018606ame-miR-37372......__775
MIMAT0018160pab-miR9472......__775
MIMAT0018149pab-miR166b1_......_675
MIMAT0018148pab-miR166a1_......_675
MIMAT0018115hsa-miR-36873__......875
MIMAT0017987hsa-miR-36103......__875
MIMAT0016564cin-miR-4037-3p1__......675
MIMAT0016230ppy-miR-13242__......775
MIMAT0017472aly-miR166g-3p1_......_675
MIMAT0017470aly-miR166f-3p1_......_675
MIMAT0017468aly-miR166e-3p1_......_675
MIMAT0017466aly-miR166d-3p1_......_675
MIMAT0017464aly-miR166c-3p1_......_675
MIMAT0017462aly-miR166b-3p1_......_675
MIMAT0017460aly-miR166a-3p1_......_675
MIMAT0017458aly-miR165b-3p1_......_675
MIMAT0017456aly-miR165a-3p1_......_675
MIMAT0014753api-miR-3015b2__......775
MIMAT0014164rco-miR166e1_......_675
MIMAT0014163rco-miR166d1_......_675
MIMAT0014162rco-miR166c1_......_675
MIMAT0014161rco-miR166b1_......_675
MIMAT0014160rco-miR166a1_......_675
MIMAT0014091csi-miR166b1_......_675
MIMAT0014090csi-miR166a1_......_675
MIMAT0014085crt-miR166b1_......_675
MIMAT0014084crt-miR166a1_......_675
MIMAT0014071ctr-miR1661_......_675
MIMAT0014070csi-miR166e-3p1_......_675
MIMAT0016948rlcv-miR-rL1-24-3p2......__775
MIMAT0013986zma-miR166n-3p1_......_675
MIMAT0012559aqc-miR166d1_......_675
MIMAT0012558aqc-miR166c1_......_675
MIMAT0012557aqc-miR166b1_......_675
MIMAT0012556aqc-miR166a1_......_675
MIMAT0012555aqc-miR166e1_......_675
MIMAT0012185bdi-miR166a-3p1_......_675
MIMAT0011975bta-miR-24131_......_675
MIMAT0011330sbi-miR166k1_......_675
MIMAT0011329sbi-miR166j1_......_675
MIMAT0011328sbi-miR166i1_......_675
MIMAT0011327sbi-miR166h1_......_675
MIMAT0011175pvu-miR166a1_......_675
MIMAT0007916sly-miR166b1_......_675
MIMAT0007915sly-miR166a1_......_675
MIMAT0026754oan-miR-1420c-5p7......__275
MIMAT0005669vvi-miR166h1_......_675
MIMAT0005668vvi-miR166g1_......_675
MIMAT0005667vvi-miR166f1_......_675
MIMAT0005666vvi-miR166e1_......_675
MIMAT0005665vvi-miR166d1_......_675
MIMAT0005664vvi-miR166c1_......_675
MIMAT0005663vvi-miR166b1_......_675
MIMAT0005662vvi-miR166a1_......_675
MIMAT0005632bna-miR166d1_......_675
MIMAT0005631bna-miR166c1_......_675
MIMAT0005630bna-miR166b1_......_675
MIMAT0005629bna-miR166a1_......_675
MIMAT0005222smo-miR166c1_......_675
MIMAT0005221smo-miR166b1_......_675
MIMAT0005220smo-miR166a1_......_675
MIMAT0005049ppt-miR166m1_......_675
MIMAT0005045ppt-miR166i1_......_675
MIMAT0005044ppt-miR166h1_......_675
MIMAT0005043ppt-miR166g1_......_675
MIMAT0005042ppt-miR166f1_......_675
MIMAT0005041ppt-miR166e1_......_675
MIMAT0005040ppt-miR166d1_......_675
MIMAT0005039ppt-miR166c1_......_675
MIMAT0005007pta-miR9472......__775
MIMAT0004994pta-miR166b1_......_675
MIMAT0004993pta-miR166a1_......_675
MIMAT0004388cre-miR906-3p6......__175
MIMAT0004352ppt-miR166a1_......_675
MIMAT0004351ppt-miR166b1_......_675
MIMAT0005813ghr-miR166b1_......_675
MIMAT0011104mtr-miR166g-3p1_......_675
MIMAT0011100mtr-miR166f1_......_675
MIMAT0011080mtr-miR166e-3p1_......_675
MIMAT0011067mtr-miR166c1_......_675
MIMAT0011061mtr-miR166b1_......_675
MIMAT0004835ebv-miR-BART18-3p2......__775
MIMAT0003444rlcv-miR-rL1-14-5p1_......_675
MIMAT0001940ptc-miR166q1_......_675
MIMAT0001939ptc-miR166p1_......_675
MIMAT0001938ptc-miR166o1_......_675
MIMAT0001937ptc-miR166n1_......_675
MIMAT0001936ptc-miR166m1_......_675
MIMAT0001935ptc-miR166l1_......_675
MIMAT0001934ptc-miR166k1_......_675
MIMAT0001933ptc-miR166j1_......_675
MIMAT0001932ptc-miR166i1_......_675
MIMAT0001931ptc-miR166h1_......_675
MIMAT0001930ptc-miR166g1_......_675
MIMAT0001929ptc-miR166f1_......_675
MIMAT0001928ptc-miR166e1_......_675
MIMAT0001927ptc-miR166d1_......_675
MIMAT0001926ptc-miR166c1_......_675
MIMAT0001925ptc-miR166b1_......_675
MIMAT0001924ptc-miR166a1_......_675
MIMAT0001755sbi-miR166g1_......_675
MIMAT0001744zma-miR166m-3p1_......_675
MIMAT0001743zma-miR166l-3p1_......_675
MIMAT0001720zma-miR166j-3p1_......_675
MIMAT0001719zma-miR166k-3p1_......_675
MIMAT0001678gma-miR166b1_......_675
MIMAT0001677gma-miR166a-3p1_......_675
MIMAT0001642mtr-miR166a1_......_675
MIMAT0001465sbi-miR166f1_......_675
MIMAT0001446sbi-miR166e1_......_675
MIMAT0001415oar-miR-1271......__675
MIMAT0001394sbi-miR166a1_......_675
MIMAT0001393sbi-miR166b1_......_675
MIMAT0001392sbi-miR166c1_......_675
MIMAT0001391sbi-miR166d1_......_675
MIMAT0001384zma-miR166d-3p1_......_675
MIMAT0001383zma-miR166c-3p1_......_675
MIMAT0001382zma-miR166b-3p1_......_675
MIMAT0001381zma-miR166g-3p1_......_675
MIMAT0001380zma-miR166f1_......_675
MIMAT0001379zma-miR166i-3p1_......_675
MIMAT0001378zma-miR166e1_......_675
MIMAT0001377zma-miR166h-3p1_......_675
MIMAT0001375zma-miR166a-3p1_......_675
MIMAT0001088osa-miR166j-3p1_......_675
MIMAT0001087osa-miR166m1_......_675
MIMAT0001073osa-miR166h-3p1_......_675
MIMAT0001072osa-miR166g-3p1_......_675
MIMAT0001038osa-miR166l-3p1_......_675
MIMAT0001037osa-miR166k-3p1_......_675
MIMAT0000640osa-miR166f1_......_675
MIMAT0000638osa-miR166d-3p1_......_675
MIMAT0000637osa-miR166c-3p1_......_675
MIMAT0000636osa-miR166b-3p1_......_675
MIMAT0000635osa-miR166a-3p1_......_675
MIMAT0000195ath-miR166g1_......_675
MIMAT0000194ath-miR166f1_......_675
MIMAT0000193ath-miR166e-3p1_......_675
MIMAT0000192ath-miR166d1_......_675
MIMAT0000191ath-miR166c1_......_675
MIMAT0000190ath-miR166b-3p1_......_675
MIMAT0000189ath-miR166a-3p1_......_675
MIMAT0000188ath-miR165b1_......_675
MIMAT0000187ath-miR165a-3p1_......_675