Result for your query miRNA sequence
>hsv2-miR-h20
uuugguua

RED =100 % Complementary sequence
.=Identical residue
blue alphabets=mismatch
_=Gap


Acc numbermiRNAStartAlignmentEnd% Identity
Query1tttggtta8
MIMAT0030377ptc-miR7817a1........8100
MIMAT0021472asu-miR-79-5p1........8100
MIMAT0014702hsv2-miR-H201........8100
MIMAT0013402mtr-miR26361........8100
MIMAT0037227ata-miR2275c-3p1......._787
MIMAT0035777tae-miR2275-3p1......._787
MIMAT0035535bdi-miR2275c1......._787
MIMAT0035533bdi-miR2275a1......._787
MIMAT0035510bdi-miR159c1......._787
MIMAT0033622sma-miR-8455-5p2......._887
MIMAT0030306bdi-miR7777-5p.12......._887
MIMAT0029949bta-miR-133c2......._887
MIMAT0029539ipu-miR-199b7_.......187
MIMAT0029308mes-miR22751......._787
MIMAT0025325pde-miR1591......._787
MIMAT0024958hme-miR-27682_.......887
MIMAT0024460mse-miR-27682_.......887
MIMAT0023392hco-miR-59192......._887
MIMAT0016939bta-miR-36047_.......187
MIMAT0014100bma-miR-9-5p2......._887
MIMAT0013647bmo-miR-2768-3p2_.......887
MIMAT0011759osa-miR2275b1......._787
MIMAT0011758osa-miR2275a1......._787
MIMAT0012128sme-miR-277d-5p2_.......887
MIMAT0003933ath-miR774a1_.......787
MIMAT0019593pma-miR-45611......g.887
MIMAT0016532cin-miR-4020a-5p1.g......887
MIMAT0014667hma-miR-3003a-5p8......a.187
MIMAT0005274smo-miR1115-3p8......g.187
MIMAT0036749oha-miR-1677b-5p6......__175
MIMAT0036702oha-miR-133b-3p1......__675
MIMAT0036699oha-miR-133a-3p1......__675
MIMAT0036524tch-miR-9-5p3......__875
MIMAT0036307chi-miR-9-5p3......__875
MIMAT0035949chi-miR-133b1......__675
MIMAT0035948chi-miR-133a-3p1......__675
MIMAT0035288gsa-miR-9-5p3......__875
MIMAT0035092efu-miR-93373_......_875
MIMAT0035045efu-miR-133-3p1......__675
MIMAT0035042efu-miR-4872__......775
MIMAT0034937efu-miR-9-5p3......__875
MIMAT0034801efu-miR-92101__......675
MIMAT0034248gra-miR87172_......_775
MIMAT0034232gra-miR87821......__675
MIMAT0033963esi-miR8622c1_......_675
MIMAT0033962esi-miR86256_......_175
MIMAT0033959esi-miR8622b2_......_775
MIMAT0033957esi-miR8622a2_......_775
MIMAT0033807pxy-miR-9b-5p3......__875
MIMAT0033667sma-miR-8473-5p6_......_175
MIMAT0033398str-miR-9-5p3......__875
MIMAT0033200ppc-miR-8328-5p2......__775
MIMAT0033118ppc-miR-8300-3p1__......675
MIMAT0032915ppc-miR-133-3p1......__675
MIMAT0032834cel-miR-8208-3p1_......_675
MIMAT0032783ath-miR81841......__675
MIMAT0032730ssa-miR-9b-5p3......__875
MIMAT0032721ssa-miR-9a-5p3......__875
MIMAT0032663ssa-miR-551-5p8_......_375
MIMAT0032340ssa-miR-133b-3p1......__675
MIMAT0031726bbe-miR-9-5p3......__875
MIMAT0031566ppe-miR6288c-3p6_......_175
MIMAT0030843prd-miR-7970-3p2......__775
MIMAT0030743prd-miR-7941-3p8__......375
MIMAT0030576prd-miR-9b-5p2......__775
MIMAT0030500prd-miR-9a-5p3......__875
MIMAT0030476prd-miR-7868-5p3......__875
MIMAT0030243bdi-miR7751-3p1......__675
MIMAT0029945bta-miR-2285w6......__175
MIMAT0032206lva-miR-133-3p1......__675
MIMAT0032192lva-miR-9-5p3......__875
MIMAT0032159pmi-miR-133-3p1......__675
MIMAT0032142pmi-miR-9-5p3......__875
MIMAT0029763cbn-miR-76401......__675
MIMAT0029761cbn-miR-2443......__875
MIMAT0029653cbn-miR-75976__......175
MIMAT0029612crm-miR-75976__......175
MIMAT0029582cbr-miR-75816__......175
MIMAT0029528ipu-miR-93......__875
MIMAT0029409ipu-miR-133c1......__675
MIMAT0029408ipu-miR-133b1......__675
MIMAT0029035gga-miR-7440-3p1......__675
MIMAT0028883mdo-miR-7392-3p7__......275
MIMAT0028799mdo-miR-7374c-3p8......__375
MIMAT0028554mdo-miR-9b-5p3......__875
MIMAT0028203dre-miR-7146-5p7__......275
MIMAT0026446sbi-miR6232b-5p3......__875
MIMAT0026321ccr-miR-9-3p3......__875
MIMAT0028035mmu-miR-7065-3p1_......_675
MIMAT0025644gga-miR-6568-3p8_......_375
MIMAT0025433pol-miR-133-3p1......__675
MIMAT0025420pol-miR-9b-5p3......__875
MIMAT0025358ssc-miR-93......__875
MIMAT0025078mmu-miR-133c1......__675
MIMAT0025070rno-miR-63312......__775
MIMAT0025002hme-miR-9b3......__875
MIMAT0024272ggo-miR-133b1......__675
MIMAT0024008cgr-miR-93......__875
MIMAT0023581tca-miR-9e-5p3......__875
MIMAT0023424hco-miR-59323......__875
MIMAT0023348hco-miR-93......__875
MIMAT0023270osa-miR58016......__175
MIMAT0022784sha-miR-133a1......__675
MIMAT0022783sha-miR-93......__875
MIMAT0022636ola-miR-9a-5p3......__875
MIMAT0022546ola-miR-9b-5p3......__875
MIMAT0023082tur-miR-9-5p3......__875
MIMAT0023080tur-miR-133-5p3_......_875
MIMAT0022465gma-miR56771......__675
MIMAT0022398ath-miR5638a8......__375
MIMAT0022355mmu-miR-5615-5p2_......_775
MIMAT0022329cin-miR-5602-5p1......__675
MIMAT0022326cin-miR-5601-3p3__......875
MIMAT0022319cin-miR-5598-5p2__......775
MIMAT0021990aca-miR-9-5p3......__875
MIMAT0021797aca-miR-1677b-5p6......__175
MIMAT0021749aca-miR-133a1......__675
MIMAT0021633gma-miR35228......__375
MIMAT0021431asu-miR-9-5p3......__875
MIMAT0021407rmi-miR-53343_......_875
MIMAT0020555osa-miR50732......__775
MIMAT0021023hsa-miR-5002-5p3......__875
MIMAT0020261emu-miR-93......__875
MIMAT0020235egr-miR-93......__875
MIMAT0020506dme-miR-4913-3p8__......375
MIMAT0019462pma-miR-133b-3p1......__675
MIMAT0019447pma-miR-125-3p3__......875
MIMAT0019375pma-miR-9b3......__875
MIMAT0019373pma-miR-9a-5p3......__875
MIMAT0019294oar-miR-487b-5p3__......875
MIMAT0018442nlo-miR-9a3......__875
MIMAT0018405ngi-miR-9a3......__875
MIMAT0018847tca-miR-3877-3p6_......_175
MIMAT0018748tca-miR-9d-5p2......__775
MIMAT0018714tca-miR-9c-5p3......__875
MIMAT0018695tca-miR-3832-3p8......__375
MIMAT0018689tca-miR-3829-3p2_......_775
MIMAT0018171mghv-miR-M1-12-3p1......__675
MIMAT0017973ssc-miR-487b2__......775
MIMAT0016805cin-miR-4187-5p1......__675
MIMAT0016396cin-miR-9-5p3......__875
MIMAT0017843rno-miR-126b7......__275
MIMAT0017838rno-miR-218b3__......875
MIMAT0015756ppy-miR-133b1......__675
MIMAT0016973ppy-miR-133c1......__675
MIMAT0015729ppy-miR-93......__875
MIMAT0015697nvi-miR-9a3......__875
MIMAT0014838mmu-miR-3066-5p1_......_675
MIMAT0014773api-miR-30362_......_775
MIMAT0014749api-miR-9b3......__875
MIMAT0014748api-miR-9a3......__875
MIMAT0014571tgu-miR-133-3p1......__675
MIMAT0014502tgu-miR-9-5p3......__875
MIMAT0014380cqu-miR-9-5p3......__875
MIMAT0014324aae-miR-9b3......__875
MIMAT0014323aae-miR-9a3......__875
MIMAT0014212aae-miR-9c-5p3......__875
MIMAT0013974zma-miR159e-3p2_......_775
MIMAT0013869ssc-miR-133b1......__675
MIMAT0013815osa-miR28681_......_675
MIMAT0013097eca-miR-133b1......__675
MIMAT0012997eca-miR-133a1......__675
MIMAT0012967eca-miR-9a3......__875
MIMAT0013633bmo-miR-2760-3p3......__875
MIMAT0012671dpu-miR-9-5p3......__875
MIMAT0015302bmo-miR-9c-5p3......__875
MIMAT0012614bmo-miR-27367......__275
MIMAT0013307mtr-miR26031......__675
MIMAT0013304mtr-miR26013......__875
MIMAT0013287mtr-miR25971......__675
MIMAT0012357dps-miR-2548-3p1......__675
MIMAT0011938bta-miR-23863......__875
MIMAT0011737ppc-miR-93......__875
MIMAT0011590crm-miR-50-3p6......__175
MIMAT0011583crm-miR-244-5p3......__875
MIMAT0011555crm-miR-79-5p2......__775
MIMAT0011248sme-miR-9a-5p3......__875
MIMAT0011247sme-miR-9b-5p3......__875
MIMAT0010146lmi-miR-9a-5p3......__875
MIMAT0010090tca-miR-9a-5p3......__875
MIMAT0009465bfl-miR-9-5p3......__875
MIMAT0009835cfa-miR-133b1......__675
MIMAT0009668spu-miR-1331......__675
MIMAT0009653spu-miR-9-5p3......__875
MIMAT0009610sko-miR-9-5p3......__875
MIMAT0009562lgi-miR-9-5p3......__875
MIMAT0009508cte-miR-9-5p3......__875
MIMAT0009161bmo-miR-9b-5p3......__875
MIMAT0009389bta-miR-9-5p3......__875
MIMAT0009226bta-miR-133b1......__675
MIMAT0009225bta-miR-133a1......__675
MIMAT0009113dya-miR-9b3......__875
MIMAT0009112dya-miR-9c3......__875
MIMAT0009070dya-miR-9a3......__875
MIMAT0009047dwi-miR-9b3......__875
MIMAT0009034dwi-miR-9a3......__875
MIMAT0008992dwi-miR-9c3......__875
MIMAT0032079dvi-miR-4-5p3......__875
MIMAT0032062dvi-miR-133-5p3_......_875
MIMAT0008929dvi-miR-9a-5p3......__875
MIMAT0008925dvi-miR-9b-5p3......__875
MIMAT0008924dvi-miR-9c-5p3......__875
MIMAT0008843dsi-miR-9a3......__875
MIMAT0008827dse-miR-9b3......__875
MIMAT0008812dse-miR-9c3......__875
MIMAT0008800dse-miR-9a3......__875
MIMAT0008746dpe-miR-9c3......__875
MIMAT0008745dpe-miR-9b3......__875
MIMAT0008717dpe-miR-9a3......__875
MIMAT0008683dmo-miR-9c3......__875
MIMAT0008670dmo-miR-9a3......__875
MIMAT0008666dmo-miR-9b3......__875
MIMAT0008606dgr-miR-9c3......__875
MIMAT0008589dgr-miR-9a3......__875
MIMAT0008582dgr-miR-9b3......__875
MIMAT0008554der-miR-9c3......__875
MIMAT0008507der-miR-9b3......__875
MIMAT0008505der-miR-9a3......__875
MIMAT0008458dan-miR-9a3......__875
MIMAT0008456dan-miR-9c3......__875
MIMAT0008416dan-miR-9b3......__875
MIMAT0019134tca-miR-9b-5p2......__775
MIMAT0008030ptr-miR-133b1......__675
MIMAT0006674cfa-miR-93......__875
MIMAT0026881mml-miR-487b-5p2__......775
MIMAT0006189mml-miR-133b-3p1......__675
MIMAT0006777mml-miR-133c-3p1......__675
MIMAT0006160mml-miR-9-5p3......__875
MIMAT0007150oan-miR-133c1......__675
MIMAT0006997oan-miR-133b-3p1......__675
MIMAT0006819oan-miR-1332-3p3_......_875
MIMAT0006792oan-miR-9-5p3......__875
MIMAT0005360tae-miR11256_......_175
MIMAT0005212ppt-miR1079-3p6......__175
MIMAT0004320ath-miR869.12_......_775
MIMAT0004087mdo-miR-9a-5p3......__875
MIMAT0012108sme-miR-79-5p3......__875
MIMAT0004194bmo-miR-9a-5p3......__875
MIMAT0022716xtr-miR-449a-3p1__......675
MIMAT0003649xtr-miR-9-5p3......__875
MIMAT0003555xtr-miR-9b-5p3......__875
MIMAT0003553xtr-miR-9a-5p3......__875
MIMAT0003337hsa-miR-659-3p2_......_775
MIMAT0017221rno-miR-487b-5p3__......875
MIMAT0017216mmu-miR-487b-5p1__......675
MIMAT0026614hsa-miR-487b-5p2__......775
MIMAT0003126rno-miR-133b-3p1......__675
MIMAT0003058tni-miR-1331......__675
MIMAT0003057fru-miR-1331......__675
MIMAT0002911tni-miR-93......__875
MIMAT0002910fru-miR-93......__875
MIMAT0002279age-miR-93......__875
MIMAT0002278mne-miR-93......__875
MIMAT0002277lla-miR-93......__875
MIMAT0002276ggo-miR-93......__875
MIMAT0002275ptr-miR-93......__875
MIMAT0002243ptr-miR-133a1......__675
MIMAT0026559hsa-miR-487a-5p2__......775
MIMAT0002169ssc-miR-9-23......__875
MIMAT0002168ssc-miR-9-13......__875
MIMAT0001832dre-miR-133c-3p1......__675
MIMAT0001831dre-miR-133b-3p1......__675
MIMAT0001830dre-miR-133a-3p1......__675
MIMAT0001769dre-miR-9-5p3......__875
MIMAT0001530aga-miR-9c3......__875
MIMAT0001529aga-miR-9b3......__875
MIMAT0001526aga-miR-9a3......__875
MIMAT0001492ame-miR-9b3......__875
MIMAT0001491ame-miR-9a3......__875
MIMAT0001213dps-miR-9c3......__875
MIMAT0001212dps-miR-9b3......__875
MIMAT0001211dps-miR-9a3......__875
MIMAT0001195gga-miR-9-5p3......__875
MIMAT0000839rno-miR-133a-3p1......__675
MIMAT0000781rno-miR-9a-5p3......__875
MIMAT0000770hsa-miR-133b1......__675
MIMAT0000769mmu-miR-133b-3p1......__675
MIMAT0000502cbr-miR-2443......__875
MIMAT0000441hsa-miR-9-5p3......__875
MIMAT0000427hsa-miR-133a-3p1......__675
MIMAT0000395dme-miR-9b-5p3......__875
MIMAT0000392dme-miR-9c-5p3......__875
MIMAT0000300cel-miR-244-5p3......__875
MIMAT0000145mmu-miR-133a-3p1......__675
MIMAT0000142mmu-miR-9-5p3......__875
MIMAT0000114dme-miR-9a-5p3......__875
MIMAT0020785dme-miR-4-5p2......__775
MIMAT0020322cel-miR-79-5p2......__775